A COOPCP II é gerida por uma Diretoria, que desempenha papel fundamental na administração e implementação das diretrizes da cooperativa. A eleição para os cargos da Diretoria e conselho fiscal ocorre de forma democrática nas Assembleias Gerais, garantindo um processo transparente e participativo. Como instituição cooperativistas do ramo CRÉDITO, a COOPCP II está sujeita à fiscalização rigorosa do Banco Central do Brasil e realiza duas auditorias por ano, cooperativa e interna, assegurando que a cooperativa esteja em conformidade com as normas regulatórias e as melhores práticas de governança corporativa.